Η Διαχειριστική Αρχή (ΔA), επικουρούμενη από την Κοινή Γραμματεία (ΚΓ), που φιλοξενείται από το Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης, είναι υπεύθυνη για τη συνολική υλοποίηση του Προγράμματος. Η ΚΓ θα είναι το κεντρικό σημείο επαφής για πιθανούς υποψήφιους και Δικαιούχους των έργων.
Η Αρχή Πιστοποίησης (ΑΠ), μεταξύ άλλων αρμοδίων, είναι υπεύθυνη για την κατάρτιση και την υποβολή πιστοποιημένων δηλώσεων δαπανών και αιτήσεων πληρωμής στην Επιτροπή και την παραλαβή πληρωμών από την Επιτροπή. Η ΑΠ αξιοποιεί τις πληρωμές που λαμβάνει από την Επιτροπή για να επιστρέψει του πόρους στους κύριους Δικαιούχους.
Η Αρχή Ελέγχου (ΕΑ) Η Αρχή Ελέγχου (ΕΑ) είναι υπεύθυνη για την επαλήθευση της αποτελεσματικής λειτουργίας του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου του προγράμματος. Αρχή Ελέγχου του Προγράμματος είναι η Επιτροπή Δημοσιονομικού Ελέγχου (ΕΔΕΛ)
Δημοσιονομική Ομάδα Ελεγκτών Η Αρχή Ελέγχου του ΠΣ επικουρείται από Δημοσιονομική Ομάδα Ελεγκτών, η οποία περιλαμβάνει έναν εκπρόσωπο κάθε Κράτους Μέλους που συμμετέχει στο ΠΣ.
1ος Βαθμιαίος έλεγχος Προκειμένου να καταστούν έγκυρες οι δαπάνες, κάθε κράτος μέλος συγκροτεί σύστημα εξακρίβωσης, το οποίο επιτρέπει την επαλήθευση της παράδοσης των συγχρηματοδοτούμενων προϊόντων και υπηρεσιών, της εγκυρότητας των δαπανών που δηλώνονται για πράξεις ή μέρη πράξεων, οι οποίες υλοποιούνται στην επικράτειά του, και της συμμόρφωσης αυτών των δαπανών και των σχετικών πράξεων ή μερών αυτών των πράξεων, προς τους ενωσιακούς και εθνικούς του κανόνες.
Οι επαληθεύσεις διενεργούνται από ελεγκτές που ορίζουν τα κράτη μέλη αντίστοιχα και περιλαμβάνουν τις ακόλουθες διαδικασίες:
• διοικητικές επαληθεύσεις για κάθε αίτηση επιστροφής δαπανών από τους δικαιούχους
• επιτόπιες επαληθεύσεις επιμέρους πράξεων
Η Επιτροπή Παρακολούθησης (ΕΠ) - αποτελείτε από εκπροσώπους των συμμετεχουσών χωρών- εποπτεύει την εφαρμογή του προγράμματος και επιλέγει τα έργα που πρόκειται να χρηματοδοτηθούν. Ο γενικός στόχος του είναι να διασφαλίσει την ποιότητα και την αποτελεσματικότητα της υλοποίησης του Προγράμματος.
Επιτροπή Επιλογής Πράξεων. Συστήνετε από την Επιτροπή Παρακολούθησης με αποκλειστική αρμοδιότητα την επιλογή των πράξεων του Προγράμματος. Η Επιτροπή Επιλογής Πράξεων συμπροεδρεύεται από τους ορισμένους εκπροσώπους των κρατών μελών ή τους αναπληρωτές τους.